Le contrôle financier auquel est soumis l'Institut national de prévention et d'éducation pour la santé est exercé par un contrôleur désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Le contrôleur financier surveille les activités de l'établissement en vue d'identifier et de prévenir les risques budgétaires et financiers auxquels celui-ci est susceptible d'être confronté.