Le président et le vice-président sont élus pour deux ans et choisis alternativement parmi les représentants des employeurs et ceux des salariés.
Le président est assisté, lorsqu'il est employeur, d'un vice-président salarié et inversement. En cas d'incapacité du président ou du vice-président à terminer son mandat, le collège d'origine de l'un ou l'autre est appelé à élire un nouveau président ou vice-président pour le mandat restant à courir.
Le président ou, s'il n'est pas disponible, le vice-président peut être amené à exposer les travaux de la commission devant d'autres instances consultatives ou devant les services du ministère.