La mission de contrôle des activités ferroviaires prévue à l'article 29 du décret du 7 mars 2003 susvisé est présidée par un membre du Conseil d'Etat, nommé par arrêté du ministre chargé des transports, sur proposition du vice-président du Conseil d'Etat.
Elle comprend également un membre de la Cour des comptes et un membre du Conseil général des ponts et chaussées, nommés par arrêté du ministre chargé des transports, sur proposition, respectivement, du premier président de la Cour des comptes et du vice-président du Conseil général des ponts et chaussées.
Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que chacun des membres mentionnés ci-dessus.