Un comité stratégique du service commun des laboratoires, composé des deux directeurs généraux ou de leurs représentants, détermine la stratégie et fixe les objectifs du service. Il arrête les moyens nécessaires à son fonctionnement, et notamment le programme pluriannuel d'investissement. Il évalue ses résultats et examine toute question relative à l'exécution des missions du service.
Le chef du service commun des laboratoires assiste de droit aux réunions du comité ; il en assure le secrétariat.
Chacun des deux directeurs généraux peut se faire assister des experts de son choix.
Le comité stratégique se réunit au moins deux fois par an, à l'initiative conjointe des deux directeurs généraux.