Sous la responsabilité conjointe du haut fonctionnaire de défense et de sécurité et du secrétaire général, le sous-directeur des systèmes d'information organise la mise en oeuvre de la politique ministérielle de sécurité des systèmes d'information, notamment le déploiement des mesures techniques et procédures de sécurité.
Sous la responsabilité du sous-directeur des systèmes d'information, le chef de la mission sécurité des systèmes d'information assure notamment le suivi de la mise en oeuvre de la PSSI agriculture dans l'administration centrale, les services déconcentrés et les établissements publics de l'enseignement agricole.