Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 val d'Allier bourbonnais » (zone de protection spéciale FR 8310079) l'espace délimité sur la carte d'assemblage et les cinq cartes au 1/50 000, s'étendant sur une partie du territoire des communes suivantes :
Dans le département de l'Allier : Aubigny, Avermes, Bagneux, Bessay-sur-Allier, Billy, Bressolles, Charmeil, Château-sur-Allier, Châtel-de-Neuvre, Chemilly, Contigny, Créchy, Creuzier-le-Vieux, La Ferté-Hauterive, Marcenat, Monétay-sur-Allier, Montilly, Moulins, Neuvy, Paray-sous-Briailles, Saint-Germain-des-Fossés, Saint-Léopardin-d'Augy, Saint-Loup, Saint-Pourçain-sur-Sioule, Saint-Rémy-en-Rollat, Toulon-sur-Allier, Trévol, Varennes-sur-Allier, Le Veurdre et Villeneuve-sur-Allier.
Dans le département de la Nièvre : Chantenay-Saint-Imbert, Livry et Tresnay.