Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'établissement un programme annuel de vérification a posteriori de la gestion administrative et budgétaire de l'établissement. Indépendamment de ce programme, il peut à tout moment procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'établissement est tenu de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.
Le contrôle s'assure, en particulier en matière d'indemnisation, de l'existence d'un contrôle interne et de procédures écrites actualisées. Sur la base des informations issues du contrôle interne, le contrôleur peut demander à l'établissement de procéder à une vérification a posteriori d'actes individuels d'indemnisation. Le contrôleur contribue, par ses analyses, à l'évaluation de la politique d'indemnisation.