L'évaluation de la mise en oeuvre des conventions est réalisée par les établissements de santé et les équipes médicales concernés au moins une fois par an et transmise à l'agence régionale de l'hospitalisation. Cette évaluation concerne l'ensemble des patients, quel que soit leur parcours et leur devenir médical, et porte notamment sur les patients hospitalisés, les patients transplantés, ainsi que sur les patients décédés.
Les modalités de cette évaluation sont prévues dans le contrat d'objectifs et de moyens conclu avec l'établissement de santé ou le groupement de coopération sanitaire autorisé.