Le contrôle financier auquel est soumise l'Agence française de sécurité sanitaire environnementale est exercé par un contrôleur désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Le contrôleur financier surveille les activités de l'établissement en vue d'identifier et de prévenir les risques budgétaires et financiers auxquels celui-ci est susceptible d'être confronté.