Le Contrôleur général des lieux de privation de liberté gère les crédits nécessaires à l'accomplissement de sa mission. Ces crédits sont inscrits au programme intitulé « Coordination du travail gouvernemental ». Les dispositions de la loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne sont pas applicables à leur gestion.
Le Contrôleur général des lieux de privation de liberté présente ses comptes au contrôle de la Cour des comptes.