Le commandement des forces de protection et de sécurité de l'armée de l'air est un commandement organique subordonné au chef d'état-major de l'armée de l'air.
Il est placé sous l'autorité d'un officier général de l'armée de l'air, lequel est assisté d'un commandant en second qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Le commandant des forces de protection et de sécurité de l'armée de l'air dispose en outre d'officiers chargés de le conseiller dans certains domaines d'activité.