Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 de la réserve naturelle des ballons comtois en Franche-Comté » (zone de protection spéciale FR4312004) l'espace délimité sur la carte au 1/50 000 ci-jointe, s'étendant sur une partie du territoire des communes suivantes :
Dans le département de la Haute-Saône : Haut-du-Them-Château-Lambert, Miellin, Plancher-les-Mines ;
Dans le département du Territoire de Belfort : Auxelles-Haut, Lepuix.