Le secrétariat général comprend :
- la mission « évaluation et stratégie » ;
- le bureau « ressources humaines, formation et organisation interne » ;
- le bureau « budget et affaires financières » ;
- le bureau « affaires juridiques et réforme de l'Etat » ;
- le bureau « action territoriale et établissements publics » ;
- la mission « affaires européennes et internationales » ;
- la mission « sécurité ».