Le secrétariat général assure la coordination du traitement des sujets qui concernent l'ensemble du service, sans préjudice des compétences des sous-directions. Il est notamment chargé des questions relatives au budget, aux finances, aux marchés, aux affaires juridiques, aux ressources humaines, à la micro-informatique, à la bureautique et à la logistique. Il assure la préparation du projet et du rapport annuel de performance.