Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat à l'agriculture, à l'alimentation, à la pêche et aux affaires rurales dispose de la direction générale de la forêt et des affaires rurales et de la direction générale de l'enseignement et de la recherche.
En tant que de besoin, il dispose des autres services du ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales.
Pour l'exercice de ses attributions en matière d'affaires rurales, il peut faire appel à la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale.