Le contrôle financier auquel est soumis l'établissement de gestion du fonds de financement des prestations sociales des non-salariés agricoles est assuré par un contrôleur financier désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Le contrôleur financier exerce une mission générale de surveillance de l'activité de l'établissement en vue d'identifier et de prévenir les risques budgétaires et financiers auxquels celui-ci est susceptible d'être confronté.