Les départements de la mission scientifique, technique et pédagogique, prévue aux articles 1er et 15 du décret du 7 avril 2003 susvisé, sont organisés comme suit :
- le département mathématiques et leurs interactions ;
- le département physique ;
- le département sciences de la Terre et de l'univers, espace ;
- le département chimie ;
- le département biologie, médecine, santé ;
- le département sciences humaines et humanités ;
- le département sciences de la société ;
- le département sciences pour l'ingénieur ;
- le département sciences et technologies de l'information et de la communication ;
- le département agronomie, productions animale et végétale, et agroalimentaire ;
- le département environnement, énergie, ressources naturelles.