Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat aux transports dispose de la direction générale de l'aviation civile, de la direction des transports terrestres et du secrétariat général au tunnel sous la Manche.
En tant que de besoin, il dispose également de l'inspection du travail et de la main-d'oeuvre, des transports et des autres services, directions ou inspections générales mentionnés par le décret du 2 juillet 1985 susvisé.