Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'ordonnateur et aux ministres de tutelle un programme annuel de vérification a posteriori, en fonction des risques budgétaires et financiers qu'il aura identifiés. Indépendamment de ce programme, il peut, à tout moment, procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'ordonnateur est tenu de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.