L'Agence unique de paiement est agréée pour l'ensemble des droits et obligations liés aux paiements, oppositions, compensations et recouvrements des aides au titre du FEOGA, section « garantie », et du FEAGA dont la gestion a été transférée de l'Office national interprofessionnel de l'élevage et de ses productions et de l'Office national interprofessionnel des fruits et légumes, des vins et de l'horticulture à l'Agence unique de paiement.