L'observatoire définit chaque année un programme de travail, qui précise notamment les modalités d'association des différents organismes producteurs de données et d'analyses utiles à sa mission. Il constitue des groupes de travail en fonction des thématiques choisies.
Il peut convenir de programmes d'études avec tout organisme public ou privé ayant une mission d'observation des territoires. Il peut associer à ses travaux des personnalités extérieures françaises et étrangères qu'il choisit en raison de leur compétence ou de leur fonction ainsi qu'au sein de toute administration nationale ou locale non représentée de droit.