Les personnels et les moyens de fonctionnement du service lui sont affectés par le directeur de l'administration générale, du personnel et du budget dans le cadre du programme budgétaire « conduite et soutien des politiques sanitaires et sociales » et par le directeur de l'administration générale et de la modernisation des services dans le cadre du programme budgétaire « conception, gestion et évolution des politiques de l'emploi et du travail » au prorata des charges de chacune des deux administrations.