L'Observatoire de la santé des vétérans est dirigé par un délégué, nommé, sur proposition du secrétaire général pour l'administration, par arrêté du ministre de la défense, à partir d'une liste d'officiers appartenant au corps des médecins des armées.
Le délégué est assisté par un adjoint, désigné par le ministre chargé de la santé.