L'indemnité de direction comprend deux parts :

- une part fixe qui est déterminée en fonction des effectifs étudiants inscrits à l'institut ;
- une part variable qui est déterminée conjointement par le ministre chargé de l'éducation nationale et par le ministre chargé de l'enseignement supérieur sur la base d'un avis du président de l'établissement de rattachement et d'un avis du recteur.