Le conseil d'administration de l'établissement comprend vingt membres :
1° Deux membres de droit :
a) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;
b) L'autorité de tutelle de l'établissement ou son représentant ;
2° Deux représentants des agences régionales de santé autres que celle mentionnée à l'article 1er, désignés par le conseil national de pilotage des agences régionales de santé mentionné à l'article L. 1433-1 du code de la santé publique ;
3° Un représentant des régions désigné par l'association « Régions de France » ;
4° Deux représentants des départements désignés par l'assemblée des départements de France ;
5° Six personnalités qualifiées en raison de leurs compétences dans les domaines d'intervention de l'établissement désignées par l'autorité de tutelle de l'établissement dans les conditions prévues à l'article 52 de la loi du 12 mars 2012 susvisée ;
6° Trois représentants des usagers de l'établissement, membres des conseils de la vie sociale des unités de cet établissement ou des autres instances de participation mentionnées à l'article L. 311-6 du code de l'action sociale et des familles représentant les personnes bénéficiaires des prestations ou à défaut leurs familles ou leur représentants légaux, élus dans les conditions fixées à l'article R. 315-12 du même code ;
7° Quatre représentants du personnel de l'établissement.
Les membres du conseil d'administration, à l'exception de ceux mentionnés au 1°, sont nommés par arrêté de l'autorité de tutelle de l'établissement.

Les sièges des représentants des personnels de l'établissement sont répartis entre, d'une part, les agents contractuels de droit privé et, d'autre part, les agents de droit public, en fonction de leurs effectifs respectifs au 31 décembre de l'année précédant le renouvellement des membres du conseil d'administration.
Les représentants des agents de droit privé sont désignés par les organisations syndicales ayant obtenu le plus grand nombre de voix lors de l'élection des représentants du personnel au comité social et économique. La répartition des sièges s'opère à la proportionnelle ; les sièges de représentants restant éventuellement à pourvoir sont attribués suivant la règle de la plus forte moyenne. Lorsque pour l'attribution d'un siège, des organisations syndicales obtiennent la même moyenne, le siège est attribué à l'organisation qui a recueilli le plus grand nombre de voix. Si les organisations en cause ont recueilli le même nombre de voix, le siège est attribué par voie de tirage au sort.
Les représentants des agents de droit public sont désignés par les organisations syndicales ayant obtenu le plus grand nombre de voix lors de l'élection des représentants du personnel au comité technique d'établissement. La répartition des sièges s'opère selon les modalités définies à l'alinéa précédent.

Le président du conseil d'administration est nommé par arrêté de l'autorité de tutelle de l'établissement parmi les membres du conseil mentionnés au 5° de l'article 3.
Son mandat est d'une durée de trois ans renouvelable pour une même période. Il ne peut exercer plus de trois mandats consécutifs.

Les dispositions de l'article R. 315-15, du troisième alinéa de l'article R. 315-16, de l'article R. 315-17, des deux premiers alinéas de l'article R. 315-21, de l'article R. 315-22, de l'article R. 315-23-1, de l'article R. 315-23-2, des trois premiers alinéas de l'article R. 315-23-3 et de l'article R. 315-23-4 du code de l'action sociale et des familles sont applicables à l'établissement, sous réserve des dispositions du présent chapitre.

Le membre du conseil d'administration qui se trouve dans un des cas d'incapacité ou d'incompatibilité prévus à l'article L. 315-11 du code de l'action sociale et des familles est immédiatement déclaré démissionnaire d'office par l'autorité de tutelle de l'établissement.

Le temps passé par les représentants des agents contractuels de droit privé aux réunions du conseil d'administration est rémunéré comme temps de travail.
Les représentants des agents de droit public au conseil d'administration bénéficient d'une autorisation d'absence dans les conditions prévues à l'article 15 du décret du 19 mars 1986 susvisé.
Les frais de déplacement et de séjour des membres du conseil d'administration sont pris en charge par l'établissement selon les modalités prévues par la réglementation applicable aux agents de la fonction publique hospitalière.

Pour l'application de l'article R. 315-23-1 du code de l'action sociale et des familles, l'autorité de tutelle de l'établissement peut demander la convocation du conseil d'administration.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres ayant voix délibérative sont présents.
Les membres du conseil ne peuvent prendre part aux délibérations lorsqu'ils ont un intérêt personnel à l'affaire qui en est l'objet.

Le directeur général de l'établissement ou, en cas d'empêchement, son représentant, et l'agent comptable assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration.

Le président du conseil d'administration, à son initiative ou à la demande du directeur général ou de la moitié au moins des membres du conseil, peut convoquer des experts afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Ils ne peuvent assister qu'à la partie des débats relative aux questions pour lesquelles leur présence est demandée, vote non compris.

Le conseil d'administration définit la politique générale de l'établissement et délibère sur les matières prévues à l'article L. 315-12 du code de l'action sociale et des familles.

Les personnes participant à quelque titre que ce soit aux travaux du conseil d'administration sont tenues à l'obligation de discrétion professionnelle.

Sans préjudice de l'application des dispositions de l'article L. 314-7 du code de l'action sociale et des familles, les délibérations du conseil d'administration de l'établissement public national Antoine-Koenigswarter sont transmises sans délai, par tout moyen conférant date certaine, à l'autorité de tutelle de l'établissement. Si celle-ci n'a pas fait connaître son opposition à l'expiration d'un délai de trente jours, les délibérations sont réputées approuvées et deviennent exécutoires.

Le directeur général de l'établissement est nommé par le ministre chargé des personnes handicapées après avis du président du conseil d'administration et de l'autorité de tutelle de l'établissement.
Il est évalué par cette autorité.
Il exerce les attributions qui lui sont conférées par l'article L. 315-17 du code de l'action sociale et des familles et celles que le conseil d'administration lui délègue en application du même article.
Le directeur général de l'établissement peut déléguer sa signature dans les conditions prévues aux articles D. 315-67 à D. 315-70 du même code.
Les délégations du président du conseil d'administration au directeur général sont établies dans les conditions et pour l'exercice des attributions prévues par l'article D. 315-71 de ce code.

Les directeurs des unités de l'établissement sont nommés dans les conditions prévues au cinquième alinéa de l'article L. 315-17 du code de l'action sociale et des familles.
Sous l'autorité du directeur général de l'établissement, les directeurs des unités assurent l'animation et la gestion techniques de l'unité ou des unités qu'ils dirigent. Ils élaborent et mettent en œuvre le projet de chaque unité et en garantissent le bon fonctionnement.

Les dispositions des articles R. 315-27 à R. 315-66 du code de l'action sociale et des familles sont applicables à l'établissement.
Pour l'application de l'article R. 315-27, sont pris en compte pour la détermination du nombre de représentants du personnel au comité technique d'établissement :
a) Les fonctionnaires employés par l'établissement, à l'exception de ceux qui sont électeurs au comité consultatif national mentionné à l'article 25 de la loi du 9 janvier 1986 susvisée ;
b) Les agents publics contractuels employés par l'établissement et régis par les dispositions du décret du 6 février 1991 susvisé.
Pour l'application de l'article R. 315-33 du même code, seuls les agents mentionnés aux a et b sont électeurs au comité technique d'établissement.

Les dispositions du chapitre V du titre Ier du livre VI de la quatrième partie du code du travail sont applicables aux agents publics de l'établissement dans leur rédaction antérieure à l'entrée en vigueur de l'ordonnance du 22 septembre 2017 susvisée.

Les dispositions du décret du 18 juillet 2003 susvisé sont applicables aux fonctionnaires employés par l'établissement.

Les dispositions de l'article 2-1 du décret du 6 février 1991 susvisé sont applicables aux agents contractuels de droit public employés par l'établissement.