Outre les services qui leur sont respectivement rattachés, la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation comprennent un service commun et une mission commune :
― le service de la coordination des stratégies enseignement supérieur et recherche ;
― la mission Europe et international pour la recherche, l'innovation et l'enseignement supérieur.