La caisse de coordination aux assurances sociales tient une comptabilité distincte. La contribution de la Régie autonome des transports parisiens est inscrite en ressources aux comptes de résultat des risques gérés par la caisse. A partir des ordres de paiements et de recettes établis par la caisse, la trésorerie de l'entreprise procède aux paiements de toute nature relevant des risques maladie, accidents du travail et maladies professionnelles ainsi qu'aux encaissements des ressources externes dont bénéficient ces risques.