Le ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales a autorité sur l'administration centrale du ministère de l'agriculture qui comprend, outre l'inspection générale de l'agriculture, le Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts, le Conseil général vétérinaire, le haut fonctionnaire de défense et le bureau du cabinet qui sont directement rattachés au ministre :
- la direction générale de l'administration ;
- la direction générale de l'alimentation ;
- la direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
- la direction des affaires financières ;
- la direction de l'espace rural et de la forêt ;
- la direction des exploitations, de la politique sociale et de l'emploi ;
- la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture ;
- la direction des politiques économique et internationale ;
- le service des affaires juridiques ;
- le service de la communication.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de la pêche maritime et des cultures marines, il dispose de la direction des affaires maritimes et des gens de mer placée sous l'autorité du ministre chargé de la mer.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine des affaires rurales, il peut faire appel à la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale.