Dans le cas du salarié ayant effectué un nombre d'heures supérieur à celui rémunéré du fait du lissage, ces heures sont considérées comme des heures supplémentaires et feront l'objet d'une majoration de salaire déterminée conformément aux dispositions légales en vigueur. Le paiement des heures supplémentaires et/ou de leur majoration peut être compensé, à l'initiative de l'employeur, par un repos de durée équivalente. Les heures supplémentaires compensées par du repos, majoration comprise, ne s'imputent pas sur le contingent annuel d'heures supplémentaires.

Dans le cas du salarié ayant effectué un nombre d'heures inférieur à celui rémunéré du fait du lissage, la rémunération sera régularisée à la fin de la période sur la base du taux horaire normal.