L'évaluation des compétences est confiée à un organisme évaluateur (l'organisme de formation), un tuteur, deux professionnels évaluateurs et un jury paritaire.

Le CQP ne peut être délivré qu'aux candidats qui ont satisfait à l'ensemble des épreuves d'évaluations dans les conditions prévues par le référentiel et le guide de mise en œuvre du CQP « Conducteur d'installation de transformation des grains ».

La certification est accessible par trois voies :
– la voie de la formation permettant d'obtenir un certificat ;
– le parcours modulaire (validation par bloc de compétence) permettant d'obtenir une attestation par bloc ;
– le parcours VAE permettant d'obtenir un certificat.