Le taux de cotisation défini par l'accord constitue la contrepartie des risques couverts par le régime. Cette cotisation est globale. Sur chaque risque, il est affecté un pourcentage de la cotisation globale. Le taux des cotisations et sa répartition sont définis à l'annexe II du présent accord.

Au vu du rapport annuel, la commission paritaire de surveillance du régime peut modifier le pourcentage affecté sur chaque risque s'il s'avère que le taux de couverture d'un risque est inférieur à 0,85 ou s'il est supérieur à 0,95.