L'ordre du jour de chaque réunion est fixé par le secrétariat de la commission en cohérence avec le calendrier prévisionnel de l'année.

À l'initiative du secrétariat de la CPPNI, des personnes extérieures peuvent participer aux réunions, avec l'accord des représentants du collège salarié mandatés pour signer, afin d'apporter un éclairage sur les sujets en négociation.