L'opérateur de compétences de la construction s'organise régionalement notamment pour assurer un service de proximité et mener à bien ses missions. Ce niveau régional déconcentré met en œuvre les décisions du conseil d'administration de l'opérateur de compétences de la construction.

Dans le cadre de ces missions et sur demande des CPREF, lorsqu'elles existent, le niveau régional de l'opérateur de compétences de la construction assure un appui technique auprès de celles-ci.