La CPNEFP se réunit au moins deux fois par an et chaque fois que de besoin.

Le secrétariat est assuré par l'association de la transformation laitière française (ATLA).

Le nom des représentants de chaque organisation participante lui est transmis par celle-ci.

La CPNEFP est alternativement présidée, pour une durée de 2 ans, par le collège salarié ou le collège employeur. La première présidence est assurée par ce dernier.

Un vice-président est également désigné par le collège n'assurant pas la présidence.

Les ordres du jour des réunions sont conjointement arrêtés par le président et le vice-président et sont adressés avec les convocations, au moins 15 jours à l'avance.

Les avis ou décisions sont formulés par accord entre les 2 collèges, la position exprimée par chaque collège étant l'expression de la majorité des membres présents ou représentés.

Un relevé de décisions est établi après chaque réunion par le secrétariat et adressé aux membres de la commission.

En l'absence de remarque des destinataires, dans un délai de 3 semaines suivant sa réception, il est considéré comme adopté pour la mise en œuvre des décisions arrêtées.