Le CASCI est organisé autour de :
– l'assemblée générale, qui élit les membres de l'assemblée plénière, les membres des commissions, approuve les comptes et donne quitus à l'assemblée plénière de la gestion financière ;
– l'assemblée plénière, organe décisionnaire et souverain dans la gestion des activités sociales et culturelles (ASC), qui administre le CASCI Bourse.

La présidence du CASCI Bourse, dans le cadre des réunions de l'assemblée générale ou de l'assemblée plénière, est assurée par une personne physique ayant reçu délégation du conseil d'administration de l'Association française des marchés financiers (AMAFI).

Les modalités de fonctionnement des instances du CASCI Bourse sont fixées par son règlement intérieur.