La CPPNI exerce des missions de négociation, d'interprétation et d'intérêt général. Elle se substitue, dans ses missions et modalités de fonctionnement, à la commission paritaire existante dans la branche à savoir les réunions paritaires plénières. L'ensemble des autres instances paritaires de la branche demeure et la CPPNI ne se confond notamment pas avec la commission paritaire nationale d'interprétation (CPNI), la commission paritaire nationale pour l'emploi (CPNE) ou la commission paritaire nationale relative aux conditions de travail, à l'hygiène et à la sécurité (CPNCTHS) existant actuellement dans la branche des industries chimiques.