Le secrétariat de la CPPNI est assuré par l'association chargée de la gestion de la contribution au financement du paritarisme mise en place par l'article 2.7.

Elle réalise après chaque réunion un relevé des décisions soumis à l'approbation lors de la réunion suivante et adressé dans un délai raisonnable à chaque organisation.

Chaque organisation veille à informer le secrétariat des personnes habilitées à recevoir les informations issues des négociations et des travaux en cours de la commission.