Un représentant de la direction générale du travail peut assurer la présidence de la CPPNI. À défaut, tous les 2 ans, la CPPNI choisit parmi ses membres un président et un vice-président, ­ chacun appartenant à un collège différent.

À chaque renouvellement, la répartition des postes se fait alternativement entre les organisations d'employeurs et les organisations de salariés.

Le président de la CPPNI assure la convocation des membres aux réunions et prépare l'ordre du jour décidé en réunion par les membres de la CPPNI.

La présidence organise les débats afin d'assurer des échanges constructifs.