Les membres de la CPNE-IH déterminent dans un règlement intérieur leurs règles d'organisation et de fonctionnement, notamment :
– l'adresse de la CPNEF-IH ;
– la tenue du secrétariat et du suivi des travaux et des décisions ;
– la répartition des sièges et des voix dans chaque collège ;
– les modalités de vote.

La CNPEF-IH se réunit au moins deux fois par an, de préférence avant une réunion de la SPP HCR.

La présidence échoit tous les 3 ans alternativement à l'un des collèges.

La vice-présidence échoit à l'autre collège.