La CPPNI est également composée d'un bureau, sauf pour les réunions de négociation de branche qui sont directement soumises aux règles de représentativité légales.

Ce bureau est désigné comme suit : tous les 2 ans, la commission choisit parmi ses membres un président et un vice-président.

À chaque renouvellement, la répartition des postes se fait alternativement et paritairement entre l'organisation patronale et les organisations syndicales de salariés.
Les membres du bureau sont désignés par leur collège.

Le président et le vice-président représentent la commission dans le cadre de ses activités.

Le président et le vice-président assurent la tenue des réunions, la préparation et l'exécution des décisions de la commission. Ils prépareront les ordres du jour des séances.

Les organisations syndicales doivent être représentatives dans la branche pour siéger au sein de cette instance.