Le COPANEF s'appuie sur des commissions et des groupes de travail pour accomplir ses missions et traiter notamment des sujets de l'alternance, du développement des compétences, de l'évaluation et de la qualité, des observatoires, de la prospective, des certifications, des territoires, de l'accompagnement, de la communication et des systèmes d'information.

Chaque commission ou groupe de travail est composé paritairement, animé par deux représentants paritaires du CA et fait appel en tant que de besoin aux équipes techniques dont les compétences et l'expertise sont nécessaires à ses travaux.

La composition et les modalités de fonctionnement des commissions sont définies dans le règlement intérieur.

En outre, un comité scientifique, composé d'experts de plusieurs disciplines, est garant de la qualité et l'objectivité des travaux d'évaluation. Il exerce une mission d'assistance méthodologique, de suivi et de validation des résultats au fil de leur avancement.