Le conseil d'administration du COPANEF est l'instance décisionnelle du COPANEF, et le bureau l'instance exécutive.

Le conseil de gestion est l'organe de gestion et de financement des politiques du COPANEF. Il agit par délégation du conseil d'administration.

Il a pour mission de mettre en œuvre le mécanisme de péréquation ou de mutualisation mentionné aux articles 26 et 50, permettant d'assurer le financement de la formation des contrats en alternance et de la formation des salariés dans le cadre du CPF de transition, dans les conditions définies à l'article 47.3 et de gérer les excédents des différents dispositifs. Un commissaire du gouvernement et contrôleur CGEFI assistent de droit au conseil de gestion.

La composition et les modalités de fonctionnement du conseil d'administration du bureau et du conseil de gestion sont définies dans le règlement intérieur du COPANEF.