La préparation des diplômes et titres professionnels par la voie de l'alternance bénéficie d'une organisation pédagogique adaptée, prenant en compte la participation de l'entreprise. Par ailleurs des projets de formation sur mesure doivent pouvoir être construits à partir des référentiels d'activités et de compétences élaborés par les branches professionnelles.

Pour renforcer le développement des compétences, il faut aller plus loin en matière d'ingénierie de l'alternance :
– dans sa dimension pédagogique qui doit couvrir les deux temps du parcours de formation : mieux articuler les apprentissages en centre de formation et en situation de travail y compris dans la programmation des contenus de la formation qui doit prendre en compte l'activité et les rythmes de l'entreprise ;
– dans sa dimension organisationnelle avec des modules de formation correspondant aux blocs de compétences des certifications afin de faciliter la définition de parcours individuels (favoriser les entrées et sorties différenciées) et la capitalisation des blocs de compétences acquis (pour obtenir une certification professionnelle) et dans certains cas d'adapter les durées de formation.

L'alternance doit s'appuyer plus fortement sur l'acquisition de compétences en situation de travail. À cet effet, un effort particulier est porté en matière d'ingénierie pédagogique en renfort de la coopération pédagogique entre le CFA et l'entreprise.

L'organisation de la formation bénéficie de souplesse, avec la possibilité d'équilibrer le temps de formation de l'apprenti entre entreprise et centre de formation, pour pouvoir utiliser les plateaux techniques des entreprises, en respectant les critères de qualité établis par la branche professionnelle. Les plateaux techniques des entreprises pourront aussi être utilisés en vue de l'évaluation des acquisitions en situation professionnelle réelle.