Les statuts de l'institution doivent prévoir la nomination par l'assemblée générale ou par le comité paritaire d'approbation des comptes d'un commissaire aux comptes titulaire et d'un suppléant, conformément aux dispositions des articles L. 922-9 et R. 922-38 du code de la sécurité sociale.

Le commissaire aux comptes exécute sa mission conformément à la loi et aux diligences de sa profession. Il certifie les comptes annuels établis sous la forme proposée par la fédération (bilans, comptes de résultats et annexes). Il vérifie la sincérité et la concordance avec les comptes annuels des informations données dans le rapport de gestion ou d'activité du conseil. Il vérifie également la sincérité des éléments statistiques pris en compte pour la péréquation des ressources de gestion et d'action sociale.

Il soumet pour approbation son rapport général sur les comptes à l'assemblée générale ou au comité paritaire d'approbation des comptes qui suit l'exercice dont les comptes sont soumis à approbation, après l'avoir présenté, le cas échéant, au comité d'audit.

Ce rapport, auquel est joint l'avis du comité d'audit s'il y a lieu, est communiqué chaque année à la fédération.

Si l'institution détient des participations dans des organismes soumis à l'obligation de désigner un commissaire aux comptes, le commissaire aux comptes de l'institution a compétence pour consulter le rapport du commissaire aux comptes de cet organisme et peut, en tant que de besoin, lui demander des informations complémentaires.

Si l'institution détient, directement ou indirectement, 10 % au moins du capital d'un organisme non soumis à l'obligation de désigner un commissaire aux comptes, elle doit obtenir de cet organisme le droit d'y faire mener par son commissaire aux comptes toutes investigations que ce dernier jugera nécessaires pour l'élaboration de son opinion sur les comptes de l'institution.

Si l'institution est associée avec d'autres personnes morales au sein d'un organisme qui assure tout ou partie de la gestion ou intervient dans son développement, un commissaire aux comptes est désigné auprès de cet organisme. Le commissaire aux comptes de l'institution prend connaissance du rapport du commissaire aux comptes dudit organisme et peut, en tant que de besoin, lui demander des informations complémentaires.