La fédération exerce un contrôle sur les institutions qui y adhèrent, en application des articles L. 922-5 et R. 922-50 du code de la sécurité sociale. Ce contrôle peut être étendu aux groupements dont ces institutions sont membres, ainsi qu'aux personnes morales liées directement ou indirectement à une institution par convention.

Lorsqu'une institution ne s'est pas conformée aux dispositions du présent accord, aux décisions de la commission paritaire, aux statuts, aux règlements et aux décisions de la fédération, et en cas de non-respect des contrats d'objectifs et de moyens entre chaque institution et la Fédération, prévus à l'article 144, le conseil d'administration de la fédération, ou par délégation de celui-ci le bureau, peut, à l'issue d'une procédure contradictoire décrite dans les statuts et dans le respect de l'article R. 922-53 du code de la sécurité sociale, prononcer à l'encontre de l'institution ou des dirigeants de celle-ci une ou plusieurs des sanctions définies à l'article R. 922-52 du code de la sécurité sociale.

Dans tous les cas, le conseil d'administration de la fédération, ou le cas échéant le bureau, informe tous les administrateurs de l'institution en cause de la sanction prononcée.