Le stagiaire conserve sa protection sociale dans le cadre de l'assurance maladie dont il est bénéficiaire comme étudiant, à titre personnel ou comme ayant droit.

Il bénéficie de la législation sur les accidents du travail et les maladies professionnelles en application des articles L. 412-8 et D. 412-3 du code de la sécurité sociale.

Lorsque le stagiaire reçoit une gratification supérieure au seuil d'exonération (actuellement 15 % du plafond horaire de la sécurité sociale), il bénéficie de garanties de prévoyance complémentaire. L'ensemble de ces garanties, applicables depuis le 1er janvier 2011, correspond à celles des régimes nationaux de prévoyance prévues par les conventions collectives nationales des ouvriers, ETAM et cadres de travaux publics en vigueur, à l'exception des garanties qui portent spécifiquement sur l'invalidité ou l'arrêt de travail des salariés.

Lorsque la gratification du stagiaire est égale ou inférieure au seuil d'exonération prévu par la réglementation, les formalités d'affiliation et le versement des cotisations dues au titre de la législation sur les accidents du travail et les maladies professionnelles sont effectuées par l'établissement d'enseignement et permettent le rattachement du stagiaire au régime général pour ces risques.