Lors de la première réunion de la commission, chaque collège désigne son président, à la majorité en nombre des suffrages exprimés au sein du collège concerné avec un quorum de 3 membres présents.
Les présidents sont élus pour une durée de 2 ans. Toutefois, lorsque l'un des postes devient vacant avant cette échéance, il est procédé à une nouvelle désignation.
La commission est coprésidée par le président des représentants des organisations syndicales de salariés représentatives dans la branche, et par le président des représentants des organisations professionnelles d'employeurs.