La présidence et la vice-présidence sont alternées par collège et par période de 2 ans. Le président et le vice-président sont désignés par leur collège respectif.

Pour la première période biennale, la présidence de la CPEFP est assurée par un membre du collège des représentants des employeurs.

Le président et le vice-président rendent annuellement compte de leur mandat lors de la réunion où est effectué un bilan annuel des travaux de la CPEFP et élaboré un plan de travail pour l'année à venir.

Lorsque le vice-président, issu des organisations syndicales de salariés (ou président de la CPEFP), participe à une réunion de travail avec le président de la CPEFP (ou vice-président), issu du SAMERA, le temps de travail passé en réunion est payé par l'employeur comme temps de travail effectif.