L'observatoire exerce sa mission sous l'égide de chacune des CPNE, agissant en qualité de comité paritaire de pilotage où sont représentées les organisations syndicales d'employeurs et de salariés. Les modalités de participation aux réunions sont celles relatives aux CPNE de chacune des branches.
Pour ce qui la concerne, chaque CPNE, agissant en qualité de comité paritaire de pilotage, fixe les orientations de l'observatoire, les valide, et décide de la diffusion des informations.
Les travaux sont réalisés par l'AG 3+ agissant en tant que cellule technique, qui peut les exécuter elle-même ou en confier la réalisation à un tiers agissant sous son contrôle, ou les déléguer, à la demande de la CPNE d'une branche professionnelle, à l'un des chargés de mission de l'observatoire.
L'observatoire rend compte périodiquement auprès de chaque CPNE des travaux qu'il réalise, notamment pour ce qui concerne l'évolution quantitative et qualitative des emplois et des qualifications de la branche professionnelle.