Le secrétariat de la CPNE et du comité de pilotage est assuré par l'organisation patronale dont relève le président. En cas de présidence exercée par le collège salariés, le secrétariat sera assuré par l'UNIM.
Le secrétariat de chaque section de l'observatoire est respectivement assuré par l'UNIM et l'UPF pour les compartiments qui les concernent.